Nació en Asunción en 1855. Su fe de bautismo, fechada el 2 de agosto, indica que tenía 22 días al momento del sacramento, lo que sugiere que nació el 11 de julio. Sin embargo, su viuda, quien posteriormente se convirtió en su biógrafa, afirma que nació el 9 de julio. Su padre, Juan Francisco Decoud, fue un destacado comerciante y político, mientras que su madre fue Concepción Domecq. Héctor tuvo como padrino de bautizo a Francisco Solano López, una figura que marcaría profundamente su vida y la de su familia.
La infancia de Héctor transcurrió en un período de creciente tensión política en Paraguay. En 1859, un evento trágico marcó profundamente a la familia Decoud: Héctor, con apenas cuatro años, fue testigo del fusilamiento de dos de sus tíos paternos, acusados de conspirar para asesinar al presidente Carlos Antonio López. Esta acusación probablemente tuvo su origen en el fracaso de un negocio entre otro tío de Héctor, Buenaventura Decoud, y Francisco Solano López. Este incidente no solo puso fin a la amistad que durante años habían mantenido las familias López y Decoud, sino que también tuvo consecuencias devastadoras para la familia Decoud.
Como resultado directo de estos acontecimientos, Juan Francisco Decoud tomó la difícil decisión de trasladarse a Buenos Aires, en busca de refugio y seguridad entre la creciente comunidad de exiliados paraguayos que se estaba formando allí desde la época del Dr. Francia y que continuó creciendo durante el gobierno de don Carlos. Sin embargo, no pudo llevar consigo a su familia, que quedó en Paraguay como prisioneros políticos.
Cuando estalló la Guerra de la Triple Alianza en 1864, la comunidad de exiliados se organizó para luchar, formando la Legión Paraguaya. Juan Francisco, como figura importante entre los exiliados, fue nombrado vicecomandante. Sin embargo, desacuerdos con el comandante de la unidad, Fernando Iturburu, lo llevaron a renunciar a la Legión y unirse al Ejército Argentino, donde sirvió como ayudante de campo del presidente Bartolomé Mitre.
Mientras tanto, la familia Decoud quedó dividida. Su madre, Doña Concepción Domecq de Decoud, había sido una “destinada”. Su hermano, el estadista e intelectual José Segundo Decoud, también perteneció a la Legión Paraguaya. Héctor Francisco, a diferencia de sus hermanos, no combatió en la Legión Paraguaya, sino como niño, primero fue prisionero de su padrino con apenas 11 años en Humaita, luego soldado en las filas del Ejército paraguayo, hasta que cayó prisionero de los aliados.
Tras la guerra, Héctor Francisco, marcado por las vivencias familiares y el conflicto, emprendió un periplo de varios años. Enfrentó persecuciones políticas, pero lejos de amilanarse, aprovechó este período para cultivar su intelecto. Se dedicó al estudio de diversas disciplinas como matemáticas, agrimensura, geografía, astronomía, cosmografía y meteorología.
Decoud se estableció como un hombre polifacético. Combinó con maestría sus actividades económicas en el comercio y la ganadería con su inquebrantable pasión por la política y la cultura. Su intelecto excepcional lo llevó a ocupar cargos de gran relevancia, como Fiscal del Crimen, miembro de la Municipalidad, Diputado Nacional y periodista de renombre.
A pesar de su relación de parentesco con Francisco Solano López, Héctor Francisco Decoud no dudó en criticar las acciones del controvertido líder paraguayo. En sus escritos, especialmente en obras como “Sobre los escombros de la guerra - Una década de vida nacional”, analizó con lucidez y severidad las decisiones de López que condujeron al Paraguay a la Guerra de la Triple Alianza y sus devastadoras consecuencias.
Curiosamente, aunque crítico de su padrino, Decoud, como se suele decir, “salió” al padrino con una característica: tuvo abundante descendencia. Se le conocen hijos con seis mujeres diferentes, pero solo contrajo matrimonio con Flora Ramona Adelina López, hija del General Cámara (conocido como el verdugo del Mariscal López) y de Juana Inocencia López Carrillo, hermana del propio Mariscal.
La obra de Decoud no pasó desapercibida. Recibió importantes condecoraciones, como el Busto del Libertador otorgado por el gobierno de Venezuela y el Diploma “De Medaille d’or” en la exposición de Bruselas. Además, fue distinguido como Miembro correspondiente de la Academia Americana de la Historia.
Debido a “fulminante ataque cerebral”, el 25 de diciembre de 1930, a las 10 de la mañana, Asunción se despidió de uno de sus hijos más ilustres. Su producción literaria incluyó obras notables como “Geografía de la República del Paraguay”, “Guerra del Paraguay”, “El Mcal. Francisco Solano López” y “Los emigrados paraguayos en la guerra de la Triple Alianza”.