El EPP, en sus inicios, según las investigaciones de la Fiscalía, estuvo formado por gente que militaba en el movimiento político de izquierda Patria Libre, que fue utilizado para iniciar sus acciones delictivas a mediados de 1997 cuando un grupo llevó a cabo la excavación de un túnel para entrar a robar el Banco Nacional de Fomento, de Choré, en el departamento de San Pedro. Así también lo presenta hoy el Gobierno.
Muchos de los líderes de este grupo cayeron presos y las acciones delictivas cesaron hasta que el 16 de noviembre de 2001 fue secuestrada María Edith de Debernardi. La mujer estuvo en cautiverio por 64 días y fue liberada luego del pago -según las versiones- de un millón de dólares.
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Las investigaciones de la Justicia dieron como resultado que el mismo grupo de la banda de Choré fue la que perpetró el secuestro, bajo el asesoramiento de integrantes de las Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia (FARC).
Carmen Villalba, Alcides Oviedo, Aldo Meza y otros integrantes del grupo, fueron detenidos juzgados y condenados. Otros líderes como Juan Francisco Arrom, Anuncio Martí y Víctor Colmán, dirigentes de Patria Libre, lograron huir y hasta la fecha se encuentran en el Brasil gozando el régimen de Refugiados.
El 21 de setiembre de 2004, una vez reorganizado el grupo y con un nuevo líder, Osmar Martínez, se materializó el secuestro de Cecilia Cubas, la hija del ex presidente Raúl Cubas. La joven fue asesinada en cautiverio, el 16 de febrero de 2005. El cuerpo fue encontrado en una fosa ubicada en una casa en Ñemby.
Previo al asesinato de Cecilia Cubas, el grupo de secuestradores cobró unos 360 mil dólares, siempre según las versiones. Osmar Martínez y su grupo fueron capturados y hoy están condenados.
Luego de estos 2 secuestros y desenmascarados los líderes, presos y condenados, los soldados de la gavilla se refugiaron en los montes de San Pedro y Concepción, donde cambiaron su denominación de integrantes de Patria Libre, a ser miembros del EPP. Desde la cárcel, Carmen Villalba y Alcides Oviedo reivindicaron a este brazo armado como una fuerza guerrillera que pretendía una revolución.
Otros delitos no tardaron en llegar con la emboscada y asesinato del policía Andrés Brítez, el 22 de agosto de 2005 en la zona de nueva Durango en San Pedro. La tercera víctima fatal fue otra vez un uniformado: Oscar Noceda, quien estaba en la zona de Puentesinho, departamento de Concepción, formando parte de una Brigada que estaba buscando a los integrantes del EPP.
Asaltos y quema de destacamentos y de maquinarias agrícolas en las zonas del norte, fueron las acciones del EPP, para tratar de liberar la región de la presencia policial. La historia contada así siempre es según la versión del Gobierno y la Fiscalía.
El 31 de julio de 2008 fue secuestrado el ganadero Luis Lindstron, en la zona de Tacuatí, San Pedro.
Los integrantes del EPP, se adjudicaron el hecho y esta vez cambiaron el escenario: no llegaron hasta Asunción. Cometieron el plagio en su habitad, los montes del norte. Tras más de 40 días de cautiverio se estima que se pagó el rescate 500 mil dólares para lograr la liberación del ganadero.
Fidel Zavala fue secuestrado el 16 de octubre de 2009. Otro golpe del EPP. El ganadero fue llevado de su estancia en Concepción y tras pagarse poco más de 550 mil dólares -según las estimaciones- fue liberado tras 94 días de encierro.
Ahora el Estado lanza una campaña para detener a todos los integrantes de este grupo armado, que según los servicios de inteligencia siguen internados en los bosques norteños.
Según la fiscalía, entre los líderes de la gavilla se encuentran los prófugos están Osvaldo Villalba, hermano de Carmen Villalba, Manuel Cristaldo Mieres y Magna Meza.
En 12 años de existencia, con 4 plagios en su haber, se cree que el grupo considerado delictivo ha logrado recaudar unos 2 millones 400 mil dólares americanos.