Los indicios de hechos punibles son cuantiosos en la administración de los recursos del Fonacide en sus 10 años de creación que fueron denunciados tanto por la ciudadanía como por la Contraloría, pero no se dieron resultados eficaces en los procesos de investigación en el Ministerio Público. Del mismo modo, las condenas fueron muy escasas.
Solo en agosto pasado, la Contraloría presentó una denuncia ante el Ministerio Público contra 38 intendentes por el uso irregular del Fonacide destinado al alimento escolar.
Existen algunos casos que fueron los más sonados tanto de intendentes como gobernadores.
Friedmann. Uno de los casos más conocidos por manejo irregular del Fonacide fue el del ex senador Rodolfo Friedmann, quien fue imputado por administración en provecho propio, lavado de dinero y cohecho pasivo agravado (coima) siendo gobernador del Guairá. Además del ex legislador, también están procesados Silvio Alfaro, Eduardo Domínguez y Lourdes González.
Ñoño Núñez. El ex gobernador de Presidente Hayes Óscar Ñoño Núñez, fue condenado a 11 años de cárcel por un perjuicio económico superior a G. 42.500 millones (unos USD 5,7 millones) de la merienda escolar provenientes del Fonacide a la Gobernación chaqueña. Núñez es hermano del senador cartista Basilio Bachi Núñez y logró evitar el proceso por ocho largos años.
Éver Noguera. El ex diputado Éver Noguera está acusado por lavado de dinero y administración en provecho propio. La Fiscalía lo investiga por su participación en carácter de cómplice en el caso del negociado de merienda escolar, cuando el ex senador colorado Rodolfo Friedmann se desempeñaba como gobernador en el Departamento de Guairá.
Cárdenas. El ex intendente de Lambaré Roberto Cárdenas está acusado por lesión de confianza en el manejo del Fonacide. La Fiscalía pidió cuatro años de cárcel. Su caso fue polémico debido a la caída de una escuela que hirió a varios estudiantes.
González Vaesken. La Contraloría en su informe del 2023 detectó irregularidades en la provisión del alimento escolar siendo Roberto González Vaesken gobernador de Alto Paraná. Los malos manejos tienen relación con la calidad de los productos como las falencias en las licitaciones.
Balbuena. El ex intendente de Santa Elena César Balbuena fue condenado en 2020 a cuatro años de prisión por el hecho punible de lesión de confianza, y a Eladio Chaparro, ex tesorero de la Comuna, a tres años y seis meses, por desvío del Fonacide.