Bacigalupo estuvo al frente del Ministerio de Justicia entre enero y julio del 2016. En aquel momento reemplazó a Sheila Abed, quien fue designada como consejera de la Entidad Binacional Yacyretá.
“Yo no quiero mirar hacia el pasado, quiero hacer una mirada hacia el presente y el futuro”, declaró Bacigalupo a la prensa sobre el actual mandatario, luego de que el presidente electo anunciara su designación.
Cartes la había destituido tras la polémica que se armó por el caso Jarvis Pavão. A mediados de julio del 2016, se encontró dinamita en uno de los muros del Penal de Tacumbú y se ordenó el traslado de reclusos, entre ellos el del brasileño procesado por lavado de dinero y condenado en su país por narcotráfico.
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Sin embargo, Pavão se negó a ser trasladado a la Agrupación Especializada, bajo la excusa de una orden judicial.
Bacigalupo respetó la medida judicial y cuestionó la presión que igualmente recibía desde el Ejecutivo para concretar a como dé lugar el traslado.
Incluso, aseguró que el propio Juan Afara, en aquel entonces vicepresidente, le advirtió que la iban a desvincular por una cuestión política. “Los gerentes del presidente estaban conspirando, había una cuestión ahí de conspiración política”, expresó tras su destitución a Telefuturo.
Posteriormente, se descubrió que Pavão vivía entre lujos en Tacumbú. Estaba recluido en un pabellón reacondicionado con todas las comodidades y apartado del resto de los reclusos.
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Su habitación tenía las paredes revestidas y la ubicación le permitía tener una ventana, sin reja, que da a la calle. Dentro de su habitación contaba con un acondicionador de aire, televisor LED, equipo de sonido, sistema de audio moderno, una cama tipo somier, pisos elegantes y muebles hechos a medida.
Igualmente, la entonces ministra era cuestionada por un amotinamiento de presos en Tacumbú, donde un guardiacárcel resultó con lesión en la cabeza y un incendio que se desató en la principal penitenciaría del país, causando seis muertos y varios heridos. Esto había ocurrido meses antes del escándalo que involucraba a Pavão.
Cartes designó a Ever Martínez como reemplazo de Bacigalupo, mientras que Pavão igualmente fue trasladado a la Agrupación Especializada y posteriormente extraditado al Brasil.
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Ya fuera del cargo, Bacigalupo se movió a la disidencia y fue candidata a diputada por Asunción por el movimiento Colorado Añetete en las internas. Además, postuló para el cargo de fiscala general del Estado.
