En su trayectoria como legislador, Francisco José de Vargas se desempeñó como presidente de la Cámara de Diputados, además de haber sido senador por la bancada liberal.
El también abogado luchó a favor de los derechos humanos durante la dictadura de Alfredo Stroessner (1954-1989), mientras que en la democracia fue defensor del gobierno de unidad nacional, encabezado por el colorado Luis Ángel González Macchi (1999-2003).
Fue director del Área Jurídica del Comité de Iglesias, encargado de seguir los casos de las víctimas que dejó la dictadura stronista. También fue iniciador de la búsqueda de los desaparecidos, labor que posteriormente continuaría Rogelio Goiburú.
En diciembre del 2014, su hijo, el entonces ministro del Interior, Francisco de Vargas, había homenajeado al comisario Eusebio Torres, quien se desempeñó como torturador durante la dictadura de Alfredo Stroessner, y contra quien Francisco PanchoDe Vargas había presentado sendas querellas por delitos de lesa humanidad.
De Vargas fue una de las figuras emblemáticas del Partido Liberal al ser refundador del PLRA en 1978.
Hasta el momento no fue informada la causa de su deceso ni los detalles del sepelio.
