En octubre del año 2014, el ex titular de la SAS, Víctor Raúl Rivarola Medina, fue imputado por la fiscal anticorrupción Alba Delvalle por un presunto perjuicio al Estado que supera los mil millones de guaraníes, por el uso irregular de combustibles.
Fue la actual administración de la institución la que denunció el hecho de corrupción en el rubro de combustibles, tras llevarse a cabo una auditoría interna, investigación que encontró irregularidades en la distribución de gasolina desde enero hasta agosto del año 2013.
Según la denuncia, supuestamente se utilizaron de forma irregular órdenes de compras por G. 400 millones, G. 970.341.346 y G. 50 millones durante la administración del primo de Federico Franco, por lo que ahora el ex ministro deberá enfrentar un proceso de juicio oral para determinar si efectivamente es o no culpable de lo que se le acusa.
En su momento, la imputación por el delito de lesión de confianza afectó a unas 21 personas, pero actualmente las acusadas junto a Víctor Rivarola Medina son 16.