Las bases disconformes se encuentran principalmente en el cartismo, por falta de cupos suficientes. La queja que señalan los seccionaleros y convencionales es que en muchos casos se privilegia al sector de Fuerza Republicana y a los hijos de los políticos.
Los roces con la jefa de Gabinete Lea Giménez continúan, porque impide que cargos políticos sean ocupados y no recibe a las bases partidarias, que llevan sus reclamos directo al partido, junto al presidente Horacio Cartes, quien los recibe en audiencia dos veces por semana en la Junta de Gobierno.
El conflicto más grande que tuvo hasta ahora Santiago Peña a nivel partidario fue con el ex viceministro de Salud, Miguel Olmedo, a quien decidió destituir del cargo.
Esto luego de mantener una pelea interna con la ministra de Salud, María Teresa Barán.
Los roces entre ambos médicos se intensificaron cuando la dirigencia reclamaba más cargos y cuestionaba la gestión de Barán. De esa forma, trascendió que Olmedo buscaba ocupar la titularidad de Salud.
Las bases ligadas a Olmedo hasta anunciaron una manifestación contra Peña, pero esto nunca se cumplió, ya que se logró desactivar y finalmente garantizaron apoyo al gobierno.
