El libelo acusatorio contra Sandra Quiñónez cuenta con 13 acusaciones, relacionadas con el fallido proyecto del Metrobús, la impunidad en el caso Darío Messer, denuncia del ex ministro del Interior, Arnaldo Giuzzio, contra Cartes y una supuesta impunidad sobre Roque Fabiano Silveira, alias Zero.
Asimismo se la acusa de arbitrariedad y selectividad en procesos similares, además se incluyen el asesinato de Rodrigo Quintana y el atropello al Partido Liberal Radical Auténtico durante la madrugada del 1 de abril, tras la quema del Congreso en la noche del 31 de marzo de 2017.
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De igual manera, se le atribuye ineficiencia y negligencia en la gestión administrativo-presupuestaria de la Fiscalía, una impunidad de la corrupción en intendencias y gobernaciones, como también una inacción o negligencia del Ministerio Público.
Las últimas acusaciones incorporadas al libelo se dieron tras las expresiones de la directora de Comunicación de la Fiscalía, Elida Favole, quien habló de audios de narcodiputados y fue tomada como una coacción contra los diputados al momento en el que se iba a presentar el libelo acusatorio.
