Hay dos líneas donde centrará los trabajos de auditorías internas a través de las instituciones de acciones por pagos de reposos por Covid-19 y suspensión temporal laboral a través del Instituto de Previsión Social (IPS), además de las compras de insumos, equipamientos, medicamentos, reactivos y ambulancias por parte de Salud
La Contraloría General de la República junto con la Secretaría Anticorrupción y Auditoría establecieron lineamientos en materia de transparencia y control en la administración de los recursos previstos en la ley de emergencia que dispuso USD 1.600 millones.
Las tareas encomendadas a las auditorías internas institucionales consistirán en ejercer la verificación sobre las operaciones en ejecución a razón de la emergencia nacional, sin que esto signifique control previo ni participación en el proceso administrativo.
Ante las medidas que está tomando el Gobierno, aparecen una serie de denuncias de casos de corrupción que salpican sobre todo la compra de insumos médicos como en el caso de la Dinac y Petropar sumado a la denuncia de intento de sobrefacturación por parte de proveedores.