Havelange fue presidente de la Federación Internacional de Fútbol Asociados (FIFA) entre 1974 y 1998, cuando fue reemplazado por Joseph Blatter, su asesor durante al menos una década. En mayo cumplió 100 años y a principios de julio había sido internado por una neumonía en un hospital al sur de Río de Janeiro.
Antes de estar al frente de la FIFA estuvo como mandamás en la Confederación Brasilera de Deportes (CBD).
Estuvo envuelto en los escándalos de corrupción del máximo ente del fútbol por lo que tuvo que renunciar a la Presidencia honorífica. Havelange fue acusado de haber recibido sobornos para otorgar los derechos televisivos de los mundiales y permitir que los torneos se realicen en ciertos países, como lo fue la Copa del Mundo Argentina 1978, en medio de una dictadura militar.
De joven se destacó en waterpolo y natación, llegando a competir en dos Juegos Olímpicos, en Berlín 1936 y Helsinki 1952.