De acuerdo con la auditoría financiera y presupuestal del ejercicio fiscal del 2014 y primer semestre del 2015, el MEC no tiene títulos de propiedad de sus terrenos por valor de G. 325.834.018.504, tampoco de sus edificaciones valuadas en G. 658.104.277.822.
Al término del 2014, la institución, bajo la gestión de Marta Lafuente, entregó un balance que mencionaba un desembolso de G. 191.326.867.996 para obras civiles, pero la suma no refleja el valor de los trabajos en ejecución.
También se detectaron obras inconclusas por G. 11.096.792.860, correspondientes al proyecto de atención a niños de entre 3 y 4 años de edad con la construcción de aulas con sanitarios en 100 instituciones educativas de Asunción y 10 departamentos del país. Este dinero proviene de los recursos del Fondo Nacional de Inversión Pública y Desarrollo (Fonacide).
En cuanto a kits escolares, la Contraloría encontró que no se distribuyeron los útiles por G. 7.788.000.000. Además, se incumplió con el suministro de otros materiales, entre textos y elementos didácticos, por valor de G. 55.386.260.681.
Lafuente renunció en mayo pasado tras la revuelta estudiantil que se reflejó en la toma de colegios capitalinos y del interior del país. En su reemplazo asumió el político Enrique Riera.
Según la encuesta de IBOPE CIES para ÚH y Telefuturo, es el tercer ministro a quien la población pide su renuncia. Un 20% corresponde a capital y alrededores, mientras que 16% es del interior.