Denis apuntó a la presidencia del organismo lanzando dudas sobre las acreditaciones de las carreras universitarias. Además, subrayó que las resoluciones emitidas por la agencia podrían ser nulas, debido a que varios miembros del Consejo ocupan cargos directivos en universidades, lo que constituye un conflicto de interés según la Ley 2072/2003 de creación de la Aneaes.
Tras denuncias, la Contraloría requirió información a la institución. Desde Aneaes solo señalaron que el requerimiento de la CGR es habitual e incluye la entrega del organigrama vigente, el manual de organización, funciones y perfiles de la institución, la reglamentación aplicable a los funcionarios comisionados y aquellos que perciben beneficios, y la nómina completa de funcionarios y personal comisionado con detalles sobre sus cargos, perfil requerido, profesión y grado académico.
Desde ÚH se intentó obtener una respuesta de Aneaes sobre la denuncia, pero no respondieron.
