Dentro de dichas observaciones, varias fueron hechas a la Junta Municipal de Asunción, cuyo presidente en ese entonces era el actual intendente Óscar Nenecho Rodríguez. La Contraloría constató la concesión de marcación bajo el régimen de horario diferenciado a funcionarios que prestan servicios a la Junta, que tienen elevado índice de ausentismo, antecedentes de asistencia irregular, con amonestaciones por escrito, suspensión y sumario administrativo. También debilidades en el control de legajo de registros de marcación de entrada y salida de funcionarios de la Junta.
Se observó además que funcionarios con bonificación por nocturnidad no cumplen las funciones establecidas, entre otras irregularidades, como que el presidente de la Junta autorizó adjudicaciones y suscribió contratos en representación de la máxima autoridad (el intendente) sin que tales funciones estén entre sus atribuciones, según el comunicado de la CGR.