En esta etapa, con fecha y escenarios a definir, los 24 equipos clasificados de la Unión de Fútbol del Interior, Primera C y Primera B se cruzarán con los 16 clubes de la División Intermedia. De esta etapa, 20 equipos son los que pasarán a la tercera fase, donde se medirán con los clubes de la División de Honor. Por primera vez en las cuatro ediciones de la Copa Paraguay, se tendrá un emparejamiento entre equipos representantes de la UFI en la segunda fase.
Además se tendrán tres enfrentamientos de equipos de una misma ciudad. De Luque se medirán General Caballero de Campo Grande vs. Sportivo Luqueño; de Capiatá, Deportivo Capiatá vs. Martín Ledesma; y de Asunción, Valois Rivarola vs. Rubio Ñu.