BARCHINI. El cambio más significativo fue la salida de Ángel Barchini, quien se desempeñaba como ministro de Justicia. Su renuncia fue presentada el 23 de mayo y el argumento que expuso fue que la decisión era por motivos personales. Asumió en su reemplazo Rodrigo Nicora.
Barchini fue polémico desde el inicio. Se lo vinculó incluso con Sebastián Marset. El ministro de Bolivia, Eduardo Del Castillo, reveló conversaciones que mantuvo con el narcotraficante uruguayo cuando era embajador en Qatar, en las que coordinaba una ayuda para trámites de su pasaporte.
En octubre de 2023, en reunión del Consejo de Ministros, Barchini contó en vivo que Oliver Lezcano, procesado por el asesinato del militar Líder Ríos, no se fugó de Tacumbú, sino que fue secuestrado y asesinado por miembros del Clan Rotela. Sus dichos generaron una revuelta con rehenes en la penitenciaría. Pero el hombre envió un video días después burlándose y negando su muerte.
Taboada. El otro cambio de Peña fue el de Florencia Taboada, ex ministra de la Juventud, unos días después de haber sido burla en redes sociales por una entrevista que brindó a un medio sin poder hilar una sola oración ni explicar el hecho por el que estaba siendo consultada, sobre su gestión. En su reemplazo fue designada Salma Agüero, que también fue polémica por revelarse sus expresiones racistas en la plataforma X de cuando tenía 14 años.
Ocampos. Peña destituyó a Marlene Ocampos del Instituto Paraguayo del Indígena (Indi) y en su lugar nombró al general retirado Juan Ramón Benegas, quien admitió que no tenía experiencia con pueblos indígenas y solo conocía África. Fue un cambio ligado a Horacio Cartes.
Olmedo. Una destitución polémica fue la del dirigente colorado y ex intendente de Santa Elena, Miguel María Olmedo, quien estaba al frente del Viceministerio de Atención Integral a la Salud. El colorado tuvo varios conflictos con Teresa Barán y hasta pidió su cabeza, pero el presidente optó por respaldar a su ministra de Salud, lo que generó revuelos entre las bases coloradas en Cordillera.
FFAA. Peña destituyó en junio al almirante Silvio Vargas, que estuvo cinco meses como comandante de la Armada Paraguaya, y en su reemplazo nombró a vicealmirante Lucio Benítez.
Las versiones en el Ejecutivo apuntan a que podrían darse otros cambios luego del año de gobierno. Entre los que se menciona al más conflictivo, el ministro de Agricultura Carlos Giménez. Otra posibilidad que suena es que podría retirarse Gustavo Villate, del Mitic, para ubicar en su cargo al senador Patrick Kemper. Tampoco se disipa versión de que la jefa de Gabinete, Lea Giménez podría ir como embajadora ante EEUU.
