Los comisionados fueron monseñor Mario Melanio Medina, presidente; Juan Manuel Benítez Florentín, vicepresidente; Yudith Rolón; Miguel Ángel Aquino; Heriberto Alegre; Carlos Luis Casabianca; Carlos Portillo; Mario Sandoval; Víctor Jacinto-Flecha. En una primera etapa de trabajo también la canciller Leila Rachid Lichi, Margarita Durán Estragó, Jorge Rolón Luna, Juan Enrique Díaz Bordenave y Ausberto Rodríguez. Durante su funcionamiento entre el 2004 y el 2008 trabajaron 140 personas, incluyendo empleados, consultores y colaboradores voluntarios, en diferentes etapas. La Comisión recogió testimonios de 2.059 personas en su sede central, Asunción, y las sedes regionales, y otros 9.923 de víctimas directas de la dictadura. Buscó establecer en forma oficial la verdad y la justicia histórica sobre los hechos de violación de los derechos humanos ocurridos en el Paraguay durante la dictadura stronista. En su informe final también incluyó 273 recomendaciones. Una de las primeras fue la recuperación de los bienes malhabidos para resarcir a los familiares de las víctimas. Para monseñor Medina, las recomendaciones no se tomaron en cuenta, sino parcialmente.