El espacio reúne cuadros, partituras y documentos del maestro, creador de la guarania. El museo se encuentra a disposición del público en forma gratuita, todos los días, de 10:00 a 21:00.
El Museo José Asunción Flores fue instalado en salones de la Casa Ballario, mientras duren los trabajos de restauración de la Casa Museo, ubicada en Punta Karapã. Una vez concluidos los trabajos, el traslado estará a cargo de la Dirección de Cultura de la Municipalidad de Asunción.