La Corte también ordenó al Estado que restituya tierras ancestrales a las comunidades indígenas Yakye Axa, Sawhoyamaxa y Xákmok Kásek, ubicadas en el Chaco paraguayo.
Estos casos se dieron el 31 de agosto de 2004 y el 29 de marzo de 2006.
El 2 de setiembre de 2004, el Estado paraguayo también fue condenado por el incendio del penitenciario de menores Panchito López.
El 22 de setiembre de 2006 salió la sentencia por el caso Agustín Goiburú y otros desaparecidos durante la dictadura de Alfredo Stroessner. Unos días después, el 26 de setiembre de 2006 se dieron dos sentencias por el caso Vargas Areco, soldado muerto en servicio militar y restitución de tierras a la comunidad Xákmok Kásek.