Los cambios alcanzaron a los comandantes del Ejército, Armada y Fuerza Aérea. También al comandante del II Cuerpo de Ejército, al jefe de Estado Mayor, entre otros. Sin embargo, en esa ocasión no destituyó al jefe de las Fuerzas Militares, general Bernardino Soto Estigarribia, quien fue puesto en el cargo por el ex presidente Nicanor Duarte Frutos.
Confiado en su institucionalismo, Lugo lo mantuvo a su lado, pero el comandante de las FFMM no estaba contento debido a los roces que mantenía con el ministro de Defensa, Luis Bareiro Spaini.
SEGUNDA MOVIDA. Las malas relaciones entre el ministro y Soto Estigarribia culminaron con la destitución de este último, en noviembre de ese mismo año. En esa fecha, Lugo realizó la mayor purga militar que se tenga conocimiento.
En esta ocasión pasaron a retiro casi 30 generales y 44 coroneles.
Algunos de los comandantes destituidos fueron los del I y II Cuerpo de Ejército, Estado Mayor de la Armada, Academil, Estado Mayor Conjunto y nuevamente el comandante del Ejército, entre otros altos jefes.
TERCER CAMBIO. En mayo de 2009, el presidente cambió a los comandantes de la Armada, Ingeniería y, por tercera vez, al jefe del Ejército.
Estos cambios fueron como consecuencia de un acto político realizado por jóvenes de izquierda en el Comando de Ingeniería.
LA ÚLTIMA. La semana pasada, en medio de denuncias de intentos de golpe de Estado, el mandatario cambió a los tres jefes de armas, además al comandante de las FFMM.