El propio TSJE anunció que Ljubetic renunció al cargo. El presidente Jaime Bestard y el vicepresidente Alberto Ramírez Zambonini le pidieron que reconsidere su decisión.
Ljubetic fue nombrado como asesor del TSJE en el 2014 junto con el licenciado Luis Alberto Mauro. Hasta ese año se desempeñó como jefe de la Dirección General del Registro Electoral, donde sufrió muchas presiones por cargos partidarios, sobre todo del Partido Colorado.
Incluso había puesto su cargo a disposición antes de ser nombrado asesor del TSJE. Había asumido en reemplazo de Carlos Santacruz, que fue removido por un traslado masivo del padrón de Central a Asunción en menos de 48 horas, de cara a unas internas partidarias del Partido Colorado en aquel momento.
Carlos María Ljubetic también fue el coordinador general de las elecciones generales del 2013.
