Un total de 16 nombres son los que componen la larga lista de titulares de la EBY desde el año 1998 al 2017, periodo de tiempo en que la Justicia ordena la publicación de declaraciones juradas de funcionarios públicos.
Sin embargo, de todos estos nombres que van desde el gobierno de Juan Carlos Wasmosy hasta el de Horacio Cartes, solamente se cuentan con datos de cuatro ex directores y del actual director, Nicanor Duarte Frutos, quien también ocupó la presidencia de la República entre los años 2003 y 2008.
Del mismo, llamó la atención su gigantesco aumento patrimonial, considerando que cuando ingresó como ministro de Educación en el 2005 su patrimonio neto era de solamente G. 773 millones, y para el 2016, cuando volvió a la política para ser embajador en Argentina, creció a G. 7.789 millones.
Su antecesor fue Ángel María Recalde, quien ya había ocupado dicho cargo cuando el propio Nicanor era presidente, y sin embargo, no se cuenta con ninguna DDJJ suya publicada por la CGR.
De la era Horacio Cartes, también ocupó la dirección de la EBY Juan Schmalko, actual gobernador de Itapúa, quien en su DDJJ del año 2014, estando en la EBY, señaló un patrimonio de G. 5.702 millones, pero cuando asumió como intendente de Encarnación en el 2005, su patrimonio era la mitad, G. 2.534 millones.
Cuando Federico Franco estuvo en el poder no tocó al último director nombrado por Lugo hasta apenas unos días antes de entregar el bastón presidencial, cuando sacó a Enrique Cáceres Rojas y colocó en su lugar a Guillermo López Flores, de quien tampoco hay alguna declaración jurada publicada.
sin DDJJ. En el periodo del ex obispo, ocuparon dicho cargo, además de Cáceres Rojas, el actual senador Miguel Fulgencio Rodríguez, la ex senadora liberal Elba Recalde, y el primero que fue Carlos Cardozo. De ninguno de estos hay datos de DDJJ publicada.
De la era Nicanor, el último titular de la EBY fue Hugo Ramón Ruiz Fleitas, así como el ya mencionado Ángel María Recalde, de quienes no se tienen datos de DDJJ, pero sí de Luis Paul Sarubbi Balansá y Carlos Miguel Goiburú Vera .
Sarubbi estuvo del 2007 al 2009, y a su salida declaró G. 8.069 millones de guaraníes de patrimonio, mientras que en el 2003, su patrimonio era de G. 6.510 millones.
Fue sobreseído por la Fiscalía de una causa por lesión de confianza en la EBY tras pagar G. 1.339 millones y una donación de G. 100 millones.
Goiburú Vera fue director entre 2004 y 2005, tiempo en que declaró un patrimonio de G. 3.635 millones y G. 3.342 millones, respectivamente.
González Macchi tuvo a varios directores, de los cuales solo hay DDJJ de Francisco Arcidio Oviedo Brítez, ex vicepresidente y consejero de Itaipú, que declaró en el 2017 un patrimonio de G. 4.438 millones. Su DDJJ más antigua es del 2002, cuando declaró G. 559 millones.
Nicanor Duarte Frutos.Ex presidente y titular EBY.
7.789 millones de guaraníes declaró en el año 2016 el ex mandatario. En 1999, su patrimonio era de G. 773 millones.
Juan Schmalko. Directorde EBY de 2013 a 2016
5.702 millones de guaraníes declaró en el año 2014 estando en la EBY. En 2005, su patrimonio era de G. 2.534 millones.
Paul Sarubbi. Fue directorde la EBY del 2007-2008.
8.069 millones de guaraníes declaró en el año 2009 saliendo de la EBY. En 2003, su patrimonio era de G. 6.510 millones.
Carlos Miguel Goiburú.Director EBY 2004-2005.
3.635 millones de G. declaró cuando ingresó a la EBY en el 2004. Cuando salió dijo que bajó a G. 3.342 millones.
Francisco Oviedo. Fue directorde EBY 2002-2003.
4.438 millones de guaraníes declaró en 2017 como consejero de Itaipú. En el 2002, su patrimonio era G. 559 millones.
Walter Reiser Melamed.Titular EBY 2000-2002.
? No tiene DDJJ publicadas. Condenado por sobrefacturar por USD 116 mil dólares un software de 11 mil.