La investigación que se inició tras haber salido a la luz el acta bilateral de Itaipú, que casi lleva a juicio político al presidente Mario Abdo Benítez, se compiló en varios biblioratos, donde constan testimonios, documentos, entrevistas que ahora ya están en manos de la fiscala general, Sandra Quiñónez.
Las conclusiones de la Comisión que apuntan a varios responsables, entre ellos el propio Abdo Benítez y el vicepresidente Hugo Velázquez, así como otros altos ex funcionarios, salieron de las deliberaciones que hicieron sobre el tema los diez miembros de la CBI. Para Ayala, hubo un consenso del 80% de que el acta era dañina para los intereses nacionales.
Si bien ocho de los diez integrantes de la Comisión afirman que hubo daño en la firma del acta bilateral, el informe final es una recopilación de las seis conclusiones de los miembros de la CBI.