En esta misma causa también se encuentran acusados –aparte de Quesnel– Marlene Mendoza, quien era en su momento la directora de Administración y Finanzas del Indi; Éver Ramón Otazo, quien se desempeñaba como funcionario de la institución; y Óscar Vera, presidente de la Fundación Reforeast Par.
Todos estos habían sido acusados por los hechos punibles de lesión de confianza y apropiación, tras un supuesto desvío de fondos de G. 3.127 millones de las arcas de la institución y que tenían que haberse destinados a las comunidades indígenas de Yakye Axa y Sawhoyamaxa, que se encuentran en el Departamento de Presidente Hayes.
Según la acusación, Quesnel recibió en una primera etapa USD 950.000 para ser destinados al mejoramiento de la calidad de vida de las comunidades mencionadas. Sin embargo, antes que el Indi realice el proyecto, el presidente derivó la responsabilidad a la empresa Reforeast Par y la plata a la fundación.
Como representante de la oenegé, Vera firmó facturas de la organización y manifestó no haber recibido realmente los montos señalados en los documentos que firmó. El pago en una segunda etapa fue de un millón de dólares, plata que no apareció.
En su declaración indagatoria ante el fiscal René Fernández, en su momento, Rubén Quesnel involucró al ex presidente de la República Federico Franco, y a su hijo, Freddy Franco, en la desaparición de G. 3.100 millones destinados a comunidades nativas.
Quesnel dijo que recibió la orden del entonces mandatario para entregar la suma a la organización Reforeast Par.