El constante movimiento de tropas de carretas a finales del año 1900, que pasaban por el lugar transportando yerba mate, provenientes de Mato Grosso, Brasil, dio origen al Paraje Ponta Porã, la primera denominación que se dio a conocer. Con el constante crecimiento de la población y la instalación de casas comerciales a lo largo de la línea fronteriza, el Paraje Ponta Porã se convirtió en un poblado al cual venían personas, en su mayoría, comerciantes nacionales y extranjeros a dedicarse a la venta de productos importados, cuyo principal mercado siempre fue Brasil.
En el año 1956 se creó la Intendencia municipal y nombrado por Decreto Nº 18387, como primer intendente municipal Carlos Domínguez. En sus más de 122 años de historia desde el punto de vista económico, Pedro Juan Caballero fue pasando por varios ciclos, comenzando con la producción de la yerba mate, luego café, que no tuvo una larga duración a causa del crudo invierno de la época, le siguió el ciclo de la madera, luego el de la agricultura y finalmente la ganadería.
Actualmente, el comercio sigue siendo la principal fuente de trabajo para la población constituyendo en la mayor fuente de trabajo, “a pesar de que tuvimos dos años de pandemia, recién este año las ventas de productos para el turismo empezaron a mejorar nuevamente”, explicó Julián Medina, referente de la Cámara de Comercio.