Sinner, décimo de la ATP a sus 20 años, se retiró antes de su choque del miércoles ante Kyrgios debido a una enfermedad, informaron los organizadores.
El controvertido Kyrgios, que ocupa actualmente el puesto 132 de la ATP, se convierte así en el primer tenista en avanzar a los cuartos en la desértica Indian Wells.
Su próximo rival saldrá del choque del miércoles entre el favorito Rafa Nadal y el estadounidense Reilly Opelka.
Kyrgios, de 26 años, disputará sus primeros cuartos de final de un torneo ATP desde 2019 y los primeros de un Masters 1000 desde Cincinnati en 2017.
Junto a su compatriota Thanasi Kokkinakis, Kyrgios alzó en enero el título de dobles del Abierto de Australia, primer Grand Slam del año.
En la rama femenina, la rusa Veronika Kudermetova, número 24 de la WTA y cabeza de serie número 21, venció en los octavos de final a la checa Marketa Vondrousova, tenista número 33 de la WTA, por 7-6, 6-7 y 7-5, y avanzó a cuartos de final.