Históricamente las reuniones de esta instancia del MRE, que sesiona dos veces al año: en abril y en octubre, eran cerradas y sus decisiones eran divulgadas solo una vez que el ministro de Relaciones Exteriores firmara la resolución respectiva.
Este hecho ha generado mayor expectativa aún entre los diplomáticos cuyos ascensos, traslados y rotaciones decide este órgano. La Junta de Calificaciones es presidida por el canciller y está integrada por un funcionario con rango de embajador del Ministerio que haya desempeñado el cargo de embajador en el exterior.
También los presidentes de las comisiones de Relaciones Exteriores de ambas Cámaras Legislativas, el director de la Academia Diplomática y Consular. El profesor de Derecho Internacional Público más antiguo de la carrera de Derecho de la Universidad Nacional de Asunción, y quien presida la Asociación de Funcionarios de la Carrera Diplomática y Consular.
La Junta también propone el listado de funcionarios del que pasará a situación de retiro.