Peralta dirige la Dirección de la Justicia Electoral que se encarga de organizar las elecciones en todo el país y principalmente de elaborar y depurar el padrón nacional a ser utilizado en cada elección, por lo que debe mostrarse prescindente de los sectores políticos en pugna.
“¿María Teresa, no te parece antiético que como directora del TSJE apoyes abiertamente a un candidato?”, fue una de las críticas que recibió de Ariel Basualdo, quien como otros internautas le cuestionaron a la alta funcionaria electoral su abierto apoyo a Cartes y a Peña.
Es conocida la vinculación de Peralta con Cartes. Fue la apoderada de Honor Colorado en las elecciones donde Santiago Peña perdió ante Mario Abdo y luego, durante el Gobierno de Cartes, fue designada como directora ejecutiva del Parque Tecnológico de Itaipú, uno de los cargos más altos en la binacional.
Antes de las municipales, Peralta fue acusada por referentes del PLRA de realizar traslados masivos para favorecer a la ANR. Tiene el estigma de integrar, junto con otros funcionarios del TSJE, el equipo de leales del titular del organismo, Jaime Bestard, a quien también le vinculan con Cartes. Según versiones, Peralta sería candidata al Senado por HC y por ello ya no disimula su apoyo al sector.