Una de las propuestas que ofrece es la Colección de Juguetes de María Victoria Heisecke, quien invita a “traspasar las puertas de cristal que separan a los niños de los adultos” para comprender la importancia del juego.
También se puede visitar la Sala de Arte Popular y la Sala Guido Boggiani. Esta última preserva valores de la arqueología paraguaya como evidencias materiales y ambientales de los pueblos indígenas que habitan el Paraguay; mientras que en la Sala de Arte Colonial o Sacro se pueden apreciar tallas correspondientes a la época colonial.
En la Sala de Exposiciones Temporarias se encuentra habilitada la muestra Batalla de Curupayty, con imágenes captadas durante la Guerra de la Triple Alianza.
A su vez, la Sala Museo del Cabildo exhibe objetos de gran valor patrimonial que conforman la historia de Asunción y del Cabildo; en tanto que en la planta alta del Cabildo se puede observar la Galería de Maestros del Arte, y también está disponible el Museo de los Inmigrantes, que refleja la historia de las sucesivas migraciones al territorio paraguayo.