El presidente de la República, Horacio Cartes, en su calidad de comandante en jefe de las Fuerzas Armadas, tomó la decisión de cambiar al general Luis Gonzaga Garcete, quien está salpicado por supuestas irregularidades en su gestión.
Al comandante de las Fuerzas Militares (FFMM) le sindicaron como el responsable de la malversación de recursos en la adquisición de lavarropas y jabones para la Academia Militar. Su remoción se estaría dando en los próximos días.
Al respecto, el mismo jefe militar aseguró en su momento que todo se hace de acuerdo a las normativas vigentes porque están las instituciones correspondientes que controlan los procesos, como la Dirección Nacional de Contrataciones Públicas.
Sobre las publicaciones referentes a las irregularidades en su gestión, había expresado que son informaciones incompletas y tendenciosas. Posteriormente, se ratificó en que no existen hechos de corrupción bajo su mando en la institución castrense.
Otro hecho denunciado en su administración es que su esposa, Lucía Duarte de Garcete, estaba cobrando la suma de 3.500.000 guaraníes y figura como auxiliar administrativo del Comando del Ejército. Sin embargo, la misma no cumple oficina y se pasa realizando actividades de la Fundación Nuestra Señora de la Asunción.
Así también, se denunciaron casos de corrupción en el Hospital Militar porque supuestamente había un esquema de cobro de porcentaje a cambio de pagar a farmacias.
El jefe de Estado hacía caso omiso a las críticas y denuncias contra Gonzaga Garcete y desde la Presidencia de la República se señalaba que no existían pruebas contundentes como para destituirlo del cargo. Es más, alegaban una fuerte pulseada interna por los asensos y retiros que debía analizar la Junta de Calificaciones.