El diputado del Departamento de Presidente Hayes tiene tres imputaciones. La más importante, por un presunto perjuicio patrimonial de G. 30.000 millones cuando era gobernador.
La Sala Penal de la Corte, constituida por la ministra Alicia Pucheta y los ministros Luis Benítez Riera y Sindulfo Blanco, declaró inadmisible un recurso de apelación general interpuesto por el abogado Julio Verón, defensor del ex administrador de la Gobernación, Edulfo Verón, uno de los presuntos implicados en el millonario perjuicio.
La recusación fue contra el juez Blas Cabriza, por supuesta imparcialidad, debido a que lo acusaron de haber preopinado en el caso del diputado.
Con la medida de la Corte, Cabriza tiene la potestad de llamar a juicio oral, solicitado por la Fiscalía en uno de los casos donde está pendiente averiguar si Núñez y otros encausados son o no culpables de un daño patrimonial de G. 900 millones en la Gobernación.