La fiscala del caso, Liliana Alcaraz, de la unidad de delitos económicos que desde el momento de la denuncia de presuntos hechos punibles empezó la investigación en el 2018 sobre millonarios desvíos de fondos que fueron detectados en el 2014, 2015 y parte de 2016, según el informe final de la Contraloría General de la República.
Sobre el resultado de esta auditoría, que está siendo investigada, trasciende que la diputada Ocampos estaría buscando la manera de zafar una imputación por lesión de confianza y un posible pedido de desafuero por las irregularidades cometidas en el ejercicio de sus funciones como gobernadora de Alto Paraguay y para ello estaría buscando el apoyo del líder de Honor Colorado, Horacio Cartes, y la fiscala general Sandra Quiñónez.
En el 2018 el ex contralor general de la República, José Enrique García, realizó una denuncia formal sobre lesión de confianza con base en expedientes de auditoría sobre Ocampos y recientemente la misma logró postergar una audiencia indagatoria sobre supuestos hechos de corrupción a cargo de la agente fiscal Alcaraz. El 8 de Julio de 2020 el contralor Camilo Benítez Aldana notificó a Marlene Ocampos sobre el informe final de la Fiscalización Especial Inmediata (FEI), que corresponde a los ejercicios fiscales 2017 y 2018, donde se hallan otros millonarios faltantes sumando así unos 3.400 millones a la anterior detectada del desvío de fondos de unos 1.000 millones.
Entres las irregularidades detectadas se encuentra, en el ejercicio fiscal 2014, que la Gobernación no pagó por almuerzo escolar donde se debió utilizar recursos del Fonacide, también abonó la suma de G. 59.171.037 por cantidades de obras no ejecutadas del comedor escolar con cocina de la Escuela San Miguel Arcángel de Fuerte Olimpo y otro G. 53.235.035 en similar hecho en una obra de la Escuela Adolfo Rojas Silva de Bahía Negra.
Figuran la emisión de cheques sin respaldo documental por valor de G. 51.000.000 y la falta de rendición de cuentas de una transferencia de G. 915.885.817 en conceptos de aportes y subsidios a entidades educativas e instituciones privadas sin fines de lucro y el pago 17.478.000 en el mismo concepto, no hubo documentos de respaldo. Además se detecta la baja ejecución del presupuesto del Fonacide destinados a proyectos de infraestructuras en educación, solamente el 43,72% fue ejecutado de G. 2.202.424.876 en este concepto, todo esto menciona el informe final de CGR sobre la auditoría del ejercicio fiscal 2014 y 2015.
A parte está ahora lo que corresponde al ejercicio fiscal 2017 y 2018 que también cuenta con una serie de faltantes y obras inconclusas, que comprometen a la misma en los indicios de comisión de hechos punibles por malversación de fondos públicos.