Este tiene varias cuentas pendientes por irregularidades investigadas por la Contraloría durante su administración como titular de la Gobernación de Alto Paraná.
No es la primera vez que un caso de Aguinagalde salta al tapete. El mismo fue investigado por supuesto enriquecimiento ilícito en 2009. Asimismo, la Contraloría General de la República envió un informe al fiscal que investigaba su caso, en ese entonces, Horacio Bisso, sobre el patrimonio declarado que era de G. 10.000.000 y que no fue actualizado por Aguinagalde, quien indicó varias veces que presentó el documento.
Aguinalgade poseía bienes por valores mucho más altos de lo que había declarado y se sospechó de una malversación de bienes en la Gobernación.
Además surgieron denuncias en su contra por obras que el ex gobernador había informado que se concluyeron y sin embargo no lo estaban.
La Fiscalía indagó el caso en el marco de una denuncia de lesión de confianza por valor de G. 2.400 millones , donde se corroboró que cuatro obras no fueron concluidas y otras estaban en estado de abandono.
Refugio. Según fuentes partidarias, el legislador está buscando refugio en sectores del Partido Colorado para evitar el desafuero ante la posibilidad de ser requerido por la Fiscalía, ya que no tendría como demostrar su inocencia, según las versiones.
El mismo Javier Zacarías Irún, con quien tiene diferencias políticas, sería con quien está buscando acercamiento para que el bloque lo proteja.
No obstante, Aguinagalde negó haber iniciado diálogo con Zacarías Irún.