Este año el formato será distinto al de ediciones pasadas. Los seis equipos provenientes de las asociaciones de Bolivia, Ecuador, Paraguay, Perú, Uruguay y Venezuela comenzarán la competición disputando tres llaves de dos equipos cada una a ser definidas con partidos de ida y vuelta marcados para el 23 y 27 de enero 2017 (ver info).
Los tres equipos ganadores de la Fase 1 pasarán a disputar la Fase 2 que comenzará el 31 de enero, sumándose a los trece equipos ya anteriormente clasificados, totalizando dieciséis equipos (tres equipos ganadores de la Fase 1; dos equipos de Brasil; dos de Chile; dos de Colombia y uno de cada país restante de la Conmebol).
De la Fase 2 clasificarán ocho equipos que disputarán entre sí, bajo el sistema “mata-mata”, los cuatro cupos restantes para la Fase de Grupos. De los cuatro equipos eliminados, los dos de mejor performance clasificarán a la Fase 2 de la Copa Sudamericana.
Será la primera vez que la Libertadores tendrá una programación anual, iniciando en enero y culminando en noviembre. Y la Sudamericana iniciando en marzo y finalizando en diciembre.