Actualmente, los poderes Legislativo y Judicial tienen autonomía presupuestaria, lo que les permite disponer de los fondos y contratar y nombrar funcionarios sin necesidad de rendir cuentas al Poder Ejecutivo. Durante el tratamiento del proyecto de Presupuesto 2015 en la Cámara de Diputados, los gobernadores habían maniobrado para que los gobiernos departamentales también tengan libertad de contratar personal sin aval del Equipo Económico Nacional. Como para las gobernaciones se aprobó la autonomía, hubo una propuesta para que las universidades nacionales tengan el mismo tratamiento, lo cual también fue aceptado.
El Poder Ejecutivo rechazó esta decisión, argumentando que se le quitaba el poder de administrar el dinero de los contribuyentes, y tras un intenso lobby logró que la decisión no corra.
También quedó sin efecto transferir G. 102.000 millones del Ministerio de Obras Públicas y Comunicaciones (MOPC) a las gobernaciones; así como tampoco corre lo aprobado por Diputados de dar a los gobiernos departamentales la posibilidad de administrar fondos del Fonacide que están a cargo del Ministerio de Educación.
Lo que sí quedó para los gobiernos departamentales es la posibilidad de administrar G. 25.000 millones destinados a alimentación escolar, que en principio habían sido incluidos en el presupuesto del Ministerio de Hacienda.
