Rubio Ñu, de la mano de su técnico Mario Jara, sumó 33 puntos en el Apertura 2016, finalizó 5º en la tabla final y abandonó la zona del descenso directo. Para el segundo semestre, el Albiverde se puso como objetivo principal clasificar a una copa internacional y olvidarse del descenso. Se desprendió de algunos jugadores experimentados como Roberto Acuña y Hugo Lusardi, pero retuvo a su goleador Fabio Escobar.