Las tierras afectadas serán consideradas patrimonio inalienable a perpetuidad del Estado, bajo administración de la Secretaría del Medio Ambiente. La misma debe iniciar la mensura, el deslinde y el amojonamiento del parque nacional, en un plazo de 60 días.
El parque Ñacunday fue creado por Decreto 17071 del 20 de agosto de 1975, con una extensión de 1.000 hectáreas incluyendo el salto Ñacunday. Posteriormente la extensión de la misma fue ampliada por el Decreto 16146 del 18 de enero de 1993, a 2.000 hectáreas. La misma comprende una reserva natural cuya intangibilidad está consagrada desde su creación. Es hogar natural de una comunidad Mbyá Guaraní.
Desde el gobierno de Fernando Lugo se generó una fuerte polémica con un grupo de campesinos que reclaman las tierras bajo el concepto de la reforma agraria.