Una de las causas es por el homicidio del político colorado Julián Núñez Benítez, ocurrido el 1 de agosto del 2014.
Julián Núñez también era un ex intendente de Ypejhú y principal rival político de Vilmar, por lo que este último había planeado su ejecución. El caso es indagado por el fiscal Néstor Cañete.
También está imputado por producción y comercialización de marihuana, ya que en el interior de su inmueble se encontraron más de dos mil kilos de marihuana. Además, aún sigue procesado por el hallazgo de restos humanos en el patio de la vivienda de su padre, Vidal Acosta González.