El perfil del diputado Magdaleno Silva no es el mejor para sus propios compueblanos en el norte del país. Políticos, curas, dirigentes sociales, docentes, entre otros, denunciaron su vinculación con actos ilícitos.

Sin embargo, el legislador nicanorista logró que todos los casos quedasen en la nada. Desde el período de gobierno anterior hasta hoy, Silva consigue esquivar las denuncias mediante sus contactos políticos y judiciales.

El 23 de mayo del 2007 se publicó la denuncia del senador Miguel Abdón Saguier, que decía que Magdaleno Silva se apropió de las tierras expropiadas de los Antebi. Saguier señaló que Silva compraba ilegalmente, con contrato privado, tierras sujetas a la reforma agraria.

Los docentes agremiados a la OTEP también habían denunciado, según la publicación del 1 de agosto del 2007, que Silva conseguía trasladar a las profesoras a otras escuelas lejanas si no se alineaban a sus pretensiones políticas.

Por otra parte, el 20 de setiembre del 2007, el entonces gobernador de Amambay, Robert Acevedo, denunció a Silva por proteger a los narcotraficantes que operan en la zona de Concepción, como Jarvis Pavâo, Cabeza Branca y otros.

El 20 de octubre del 2007 también se denunció que Silva se apropió de víveres a punta de metralleta. Eran alimentos enviados por la Secretaría de Emergencia Nacional (SEN) para los damnificados en Concepción. Las autoridades locales de la SEN denunciaron que Silva retuvo el camión de víveres en Yby Yaú, con arma en mano, y que los alimentos tenían que repartir a sus correligionarios. Así lo hizo, según los informes.

Según una publicación del 27 de octubre del 2007, el vicario de la diócesis de Concepción, Pablo Cáceres, dijo que el expresidente Nicanor Duarte Frutos podía defender a quien quiera, pero que nadie podía negar que la mafia se instaló en Yby Yaú, y se sabía quién era su soporte, aludiendo a Silva.

También, en el 2007, el médico de Yby Yaú, Arsenio Fretes, tuvo que renunciar por presión política de Silva, del Centro de Salud de la ciudad.

Otra publicación del 5 de diciembre del 2008 señala que el diputado Silva exigía a un fiscal que libere un camión Ford 4.000, sin documentos y sin chapa. En aquel entonces, el fiscal Adriano Ortiz denunció que recibió a Silva y que le exigió la entrega del "vehículo del pueblo". El agente no accedió y envió notas a Diputados y a la Fiscalía. Nadie hizo nada.