El 5 de noviembre de 1999, el Senado resolvió confirmar a los ministros Wildo Rienzi Galeano, Carlos Fernández Gadea, Luis Lezcano Claude, Elixeno Ayala y Raúl Sapena Brugada. En contrapartida, resolvió “no confirmar” a los ministros Jerónimo Irala Burgos, Felipe Santiago Paredes y Enrique Sosa Elizeche.
Aquí surgió el primer conflicto de poderes sobre esos temas, porque el Ejecutivo dio su acuerdo al Legislativo, y la Corte reaccionó.
El Senado y el Ejecutivo sostienen la tesis de que los ministros de la Corte duran cinco años en sus funciones y, por eso, al final de su mandato, ellos deben ser confirmados o no en sus cargos para seguir otro periodo de cinco años. Los que no fueron confirmados promovieron acción de inconstitucionalidad ante la Corte. La Corte dictó sentencia para cada caso y declaró inamovibles a sus ministros desde el principio de su designación.
Surgieron otros casos en los siguientes años. El 24 de octubre de 2003, el ex presidente Nicanor Duarte Frutos se reunió con la oposición en Mburuvicha Róga y acordó barrer con los ministros de la Corte: Bonifacio Ríos Ávalos, Luis Lezcano Claude, Carlos Fernández Gadea, Felipe Santiago Paredes, Raúl Sapena Brugada y Jerónimo Irala Burgos.
Aquí se abrió juicio político y renunciaron: Sapena, Irala y Paredes. Fernández y Ríos fueron destituidos y Lezcano renunció durante el juicio.
Por Resolución Nº 824 del 12 de abril de 2012, el Senado declaró la vacancia de los cargos de los ministros de la Corte, Víctor Núñez, Alicia Pucheta, Antonio Fretes, José Raúl Torres Kirmser, César Garay, Sindulfo Blanco y Miguel Óscar Bajac.
La Corte reaccionó a través de un comunicado y manifestó que el Senado no tiene la competencia para “confirmar” a los ministros de la Corte. Sostuvo que según el artículo 261 de la Constitución, los ministros solo pueden ser removidos por juicio político y cesan en sus funciones tras cumplir 75 años.
LO NUEVO. Ahora de nuevo surge la discusión, porque el Senado prepara de vuelta para los ministros Luis María Benítez Riera y Gladys Bareiro, la confirmación de su mandato por cinco años más. Además, está pendiente en el Senado el juicio político contra los ministros Garay Zuccolillo, Bajac y Blanco, que ya tuvieron trámite en la Cámara de Diputados.
Recientemente, el Congreso eligió a la ministra Miryam Peña para llenar la vacancia dejada por Núñez. El Ejecutivo esta vez dio su acuerdo.