Según datos de la asamblea, Coopemag registra deudas con más de 10 entidades cooperativas con las que se han acordado una nueva refinanciación a instancia de la Incoop, a fin de adecuar a las posibilidades financieras de la cooperativa de funcionarios del MAG.
La primera intervención realizada por la Incoop a esta cooperativa fue en el mes de marzo a agosto del 2013, donde ya se ha encontrado una serie de irregularidades en las administraciones anteriores con un faltante en principio de 14.000 millones de guaraníes, hecho que motivo a la asamblea general de socios y que desembocó en la revocatoria de mandato de todos los miembros del consejo de administración de turno de la junta de vigilancia y la elección de nuevas autoridades.
Para recuperarse de esta crisis financiera se procedió a la venta de la sede social de Coopemag, en Mariano Roque Alonso y la sede de oficina central en Asunción, hecho que tampoco ayudó a paliar los problemas de la entidad.
Humberto González, presidente de la Incoop, indicó que se va a esperar la conformación de una comisión especial a fin de determinar la liquidación de la cooperativa.
Higinio Lara, socio y directivo de la cooperativa, señaló que todas las irregularidades ya fueron remitidas a la fiscalía por la Incoop en setiembre del 2013.
Existe una denuncia formal contra los ex directivos, miembros del consejo de administración así como la junta de vigilancia, funcionarios del Coopemag, totalizando 23 personas, quienes cuentan con denuncias formales por estafa, producción de documentos no auténticos, lesión de confianza, operaciones fraudulentas por computadora y lavado de dinero. Coopemag tiene unos 2.600 socios que están afectados. Si los fondos son insuficientes, se declararía la quiebra de la cooperativa.