Los controles realizados a los contribuyentes incluyen tareas de control interno, investigación, análisis e informe de expedientes. Estos trabajos se llevan a cabo por denuncias internas o externas, por cruce de información o por el control a proveedores de solicitantes de créditos.
Como parte del control interno, se realiza el cruce de informaciones y datos con el sistema Hechauka. Este software contiene una recopilación de datos de las actividades comerciales suministrados por los propios contribuyentes. A través de estos controles, la Administración Tributaria verifica que los contribuyentes cumplan en tiempo y forma con sus compromisos impositivos y a la vez lograr la formalización de las actividades económicas del país.