Con documentos que datan entre 2013 y 2014, se observa que hubo un intercambio de materiales entre la Auditoría del Ejecutivo, la Universidad Nacional de Pilar (UNP) y la Gobernación de Ñeembucú.
Los diputados Víctor Ríos (rector de la universidad) y Dionisio Amarilla cuestionaron el procedimiento de la ministra de Cartes y advirtieron que acudirán ante el Ministerio Público.
Existe un dictamen de la Procuraduría General de la República, del 2009, donde deja claramente fundada la actuación de la Auditoría en las gobernaciones.
El 5 de diciembre de 2013, el diputado Ríos, en su carácter de rector de la UNP, remitió una nota a la auditora en donde le remite un plan anual, el cronograma de actividades, la identificación y el plan de gestión de áreas de riesgos correspondientes al ejercicio fiscal 2014, aprobado por el Consejo Superior Universitario. Igualmente existe otra nota, la Nº 144/2013, en donde le informa a la Auditoría que las unidades académicas no cuentan con auditorías, solamente el Rectorado de la Universidad Nacional de Pilar tiene una auditoría interna institucional que cumple con funciones propias del departamento para toda la universidad.
En cuanto al gobernador Carlos Silva, también remitió una nota a la ministra Rodríguez, en diciembre pasado, en donde le informa que la Gobernación se encuentra en etapa de reestructuración orgánica, por lo que la administración departamental expresó su interés en implementar planes de mejoramiento y capacitación de funcionarios.
