Nisman fue hallado muerto en el baño de su apartamento con un tiro en la cabeza, el 18 de enero de 2015, y la justicia todavía no puede determinar si se suicidó o fue asesinado, como supone su familia. Junto a su cuerpo estaba una pistola Barsa 22, de donde salió la bala, y que el fiscal había pedido prestada a un colaborador de su fiscalía, el asesor informático Diego Lagomarsino, el único procesado.
Al día siguiente, Nisman, quien investigó por más de una década el ataque a la Asociación Mutual Israelita Argentina (AMIA) que causó 85 muertos en 1994, debía explicar en el Congreso su denuncia contra la entonces presidenta Cristina Kirchner (2007-2015), a quien acusó de intentar encubrir a iraníes acusados del atentado a cambio de acuerdos comerciales.
Según Kirchner, el acuerdo con Irán –luego declarado inconstitucional– estaba destinado a que un juez argentino pudiera indagar en Teherán a los acusados, entre ellos el recientemente fallecido ex presidente Alí Rafsanjani.